拜仁慕尼黑共获得6次欧洲冠军联赛亚军，分别是：
1、1987/88赛季：拜仁在欧冠决赛中以1:1战平竞技米兰，最终输掉欧冠冠军。
2、1989/90赛季：拜仁在欧冠决赛中以1:0不敌AC米兰，最终无缘欧冠冠军。
3、1995/96赛季：拜仁在欧冠决赛中以2:1不敌波尔图，最终无缘欧冠冠军。
4、1997/98赛季：拜仁在欧冠决赛中以2:1不敌利物浦，最终无缘欧冠冠军。
5、1999/00赛季：拜仁在欧冠决赛中以1:2不敌巴塞罗那，最终无缘欧冠冠军。
6、2012/13赛季：拜仁在欧冠决赛中以1:2不敌巴黎圣日耳曼，最终无缘欧冠冠军。
从1987/88赛季到2012/13赛季，拜仁慕尼黑共获得6次欧洲冠军联赛亚军，未能夺取欧冠冠军，但仍然可以在历史上留下深刻的印记。
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