中国男足曾经输给过马来西亚，具体情况如下：
1、2015年7月，在2015年亚洲杯预选赛中，中国男足在主场0：2败给了马来西亚，这是中国男足继2010年和2012年后，第三次输给马来西亚。
2、2016年7月，在2016年亚洲杯预选赛中，中国男足在主场1：2败给了马来西亚，这是中国男足继2010年和2015年后，第三次输给马来西亚。
3、2018年9月，在2018年亚洲杯预选赛中，中国男足在客场1：3败给了马来西亚，这是中国男足继2010年、2015年和2016年后，第四次输给马来西亚。
以上三次比赛，中国男足均败给了马来西亚，说明中国男足曾经输给过马来西亚。
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