武汉长江俱乐部前身是2009年2月在中国足协注册的湖北绿茵。2011年1月，俱乐部更名为武汉中博。2011年12月14日，卓尔以1000万接盘湖北中博，将俱乐部更名为“武汉卓尔职业足球俱乐部”。
武汉卓尔在2012年获得中甲亚军成功冲超，但一年之后降入中甲。2017年10月，武汉卓尔聘请李铁担任总经理、体育总监，同年11月16日，李铁担任主帅，并且在2018年1月提前三轮冲超成功，2019年获得中超第六名，以44分创造队史中超最高分纪录。在担任国足主帅之后，李铁仍然兼任武汉长江总经理一职，并拿着球队的高薪。
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